Stefan Kaegi inszeniert in verschiedensten Konstellationen (u.a. Lola Arias, Dominic Huber) dokumentarische Theaterstücke, Hörspiele und Stadtrauminszenierungen. 2010 erhielt Stefan Kaegi den »Routes Award for Cultural Diversity« der Europäischen Kulturstiftung.
Für immer neue Städte von Lima bis Copenhagen und Shanghai bis Abu Dhabi schreibt Kaegi außerdem eine immer wieder neu ortsspezifische Audiotour für jeweils 50 Kopfhörern (Remote X). Sein Stück Nachlass gewann auf dem Bitef Festival Belgrad 2018 den Grand Prize der Jury.
Gemeinsam mit Helgard Haug und Daniel Wetzel inszeniert Kaegi unter dem Label »Rimini Protokoll«. 2011 erhielt Rimini Protokoll den silbernen Löwen der Theater-Biennale von Venedig und 2015 den Schweizer Grand Prix Theater/Hans-Reinhart-Ring.