Nune Hovhannisyan wurde 1963 in Jerewan geboren. Sie begann ihre professionelle Filmkarriere während der Sowjetzeit als Regieassistentin und Produktionsleiterin. Ihr Regiedebüt gab sie 1989 mit dem Kurzfilm Paradise, gefolgt von drei weiteren Kurzfilmen: Matagh (1991), The Day (1992) und Very Short Film (2008). Hovhannisyan arbeitete vielfach mit dem renommierten Filmemacher Don Askarian zusammen und produzierte mehrere seiner Filme, darunter On the Old Roman Road (2001).
Von 2010 bis 2022 lebte und arbeitete sie in Berlin, bevor sie nach Armenien zurückkehrte. 2022 war sie die armenische Produzentin für Landshaft von Daniel Kötter. Seit 2022 ist sie Programmleiterin für den Internationalen Langfilmwettbewerb des Golden Apricot International Film Festival in Jerewan, wo sie 2023 ihre Einzelausstellung Berlin: Through the Eyes of a Cleaning Lady präsentierte.
Seit November 2022 arbeitet sie bei der Cinema Foundation of Armenia als Schnittmeisterin und Archivkoordinatorin in der Abteilung Filmerbe.
